1月
7日 馬英九在出席臺灣日本人會及臺北市日本工商會“2009年新年聯誼酒會”時稱，今年是臺灣和日本的“特別伙伴關系促進年”，強調在其任內會好好發展臺日關系，建立互信。
8日 臺灣“陸委會副主委”趙建民在記者會上表示，由于索馬里亞亞丁灣海盜猖獗，臺灣正在評估由海軍派出軍艦，保護臺灣商船的航行安全。
13日 “美國在臺協會”表示任何船只遇險要求協助美國海軍皆有責任提供協助。
13日 世界衛生組織干事長辦公室通知臺灣疾管局，將臺灣納入世界衛生條例當中，臺灣可以直接與世界衛生組織聯系。
14日 臺灣“監察院”調查“巴布亞新幾內亞建交案”發現，前“國安會秘書長”邱義仁、前“外交部長”黃志芳兩人“怠忽職守”，導致近3000萬美元公款遭侵吞，故分別通過彈劾兩人案。
同日，臺灣特偵組就“侵占機密外交款案”將前“外交部政務次長”高英茂改列圖利被告，并限制出境。
17日 美國貿易代表署宣布將臺灣自特別301觀察名單除名，對此“美臺商會”表示歡迎，認為臺灣在改善知識財產權上的進展，是一項“臺灣能真正感到驕傲的成就紀錄”。
2月
4日 臺灣“外交部發言人”陳銘政表示，岡比亞、斯威士蘭等非洲4個“邦交國”計劃邀請馬英九訪問，“外交部”將進行評估。
同日 日本外務大臣麻生太郎稱，臺灣今天擁有較高教育水平，得益于日本的殖民統治。
5日 中國外交部發言人孔泉說，1894年甲午戰爭后，日本強行侵占臺灣，使臺灣島內民眾飽受奴役，給中華民族帶來了深重災難，這是世人皆知的事實。日本對臺灣長達半個世紀的殖民統治，是日本軍國主義侵華歷史的黑暗一頁。作為加害國外交當局的最高負責人發表上述言論，是對歷史的歪曲，也是對中國人民感情的嚴重傷害。
6日 馬英九出席2009觀光節慶祝大會時表示，簡化簽證程序，是吸引觀光客最重要的原因，目前臺灣正與美方積極洽商互免簽證計畫，希望拓展雙方觀光，同時他個人也多次利用接見歐盟國家代表機會，向對方表達互免簽證吸引觀光客的想法。
6日 臺灣“行政院長”劉兆玄在聽取“體委會”與臺北、高雄市簡報“聽障奧運會”與“世界運動會”籌辦情況后，指示各“部會”全力配合，要求“外交部”突破邀訪外賓的人數限制，并加強國際宣傳，“向全世界展現臺灣打拚精神”。
17日 馬英九表示，日本給臺灣民眾免簽證待遇后，帶動雙方觀光人次增加，希望美國也能給予臺灣民眾免簽證待遇。
23日17位美國眾議員連署提案，重申“信守《與臺灣關系法》作為美國對臺灣關系的基石”，“支持臺灣民主體制”。對此，臺灣“駐美代表處”表達“感激與歡迎”。
26日 中斷超過3年半的臺、日第16次漁業會談在臺北舉行，臺灣希望這次會談能擱置釣魚島主權問題，雙方獲得“共同管理爭議海域”、“解決漁業糾紛”的共識。
同日 日本外務大臣麻生太郎在眾議院預算委員的一次會議上宣稱，將與美國協商把釣魚島納入“日美安保條約”保護范圍。中國外交部發言人馬朝旭即表示，中方對此強烈不滿，已向日方提出嚴正交涉。
27日 對于麻生太郎的說法，臺灣“外交部”予以駁斥，重申“中華民國政府”擁有釣魚臺“主權”。
3月
3日 英國自即日起給予臺灣民眾6個月赴英國免簽證待遇，而臺灣自1993年起就開放英國國民來赴臺免簽證30天。
5-10日 臺灣“外交部長”歐鴻煉出訪巴拉圭和多米尼加。
16-18日 “美國在臺協會理事主席”薄瑞光（Raymond F. Burghardt）訪問臺灣，會見臺灣政商界人士。18日，在拜會馬英九和蔡英文等朝野領袖時，對目前臺美關系給了“極好”評價，并強調兩岸穩定與對話的重要性。
20日 馬英九與媒體茶敘時表示，“追求雙重承認不切實際、也不是我的目標”，“政府推動參與世衛組織若涉主權爭議，解決方案就是‘九二共識’”。
23日 臺灣“調查局臺北市調處”前往臺北看守所，就“侵占機密外交款案”訊問陳水扁。
25日 美國國防部提出中國軍力報告，指中國軍隊仍以臺灣為假想敵，部署導彈逾1050枚，逾三分之一重兵部署于臺海。
31日 臺灣“立法院”審查通過了《經濟社會與文化權利國際公約》及《公民政治權利國際公約》兩項國際公約。
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