據臺灣《中國時報》報道，馬英九指示加速進行ECFA協商，他進一步表示，全世界兩個貿易體(兩岸)如果貿易額已經達到了一千三百億美元的時候，怎么可能雙方之間沒有一個很完整的貿易機制？ECFA這類的貿易協定利大于弊，這是非要不可的，否則對臺灣很不利。
馬英九重申，臺灣與大陸要簽訂的經濟合作架構協議，是純粹經濟性的協議，不觸及任何政治問題。
臺當局“經濟部國貿局長”黃志鵬表示，簽定ECFA以后，優惠待遇將遍及兩岸所有地區，屆時兩岸就沒有經濟特區的概念。兩岸全面開放后，不會擔心臺商不回臺投資，即使臺商覺得大陸好，希望留在大陸，“政府”也會尊重。
黃志鵬說，臺灣位居東亞中心，鄰近大陸，若不拿下這塊大陸市場，“老天都會笑我”。
馬英九表示，原來大陸與其它地區簽自由貿易協定還不是很多，但現在大陸跟東盟也簽了，馬上就要在明年一月一日生效，臺灣的石化、機械、汽車零件、紡織等產業，將受到很大的影響，因此如果沒有一個處理的話，可能會造成這些產業離開臺灣，造成臺灣進一步的失業。
至于弱勢產業，馬英九指出，還有幾種作法，可在WTO架構下，列入敏感項目，或利用關稅配額、其它進口救濟、特別保障等等，這些方法在國際間也都非常久了，像這些方法，可以幫助臺灣一些產業，包括毛巾業、陶瓷業度過困難。
針對ECFA對電子信息業的負面沖擊，黃志鵬說，兩岸都是信息科技協定(ITA)的成員，絕大部分產品都已免稅，ECFA簽定后的沖擊必然很小。
