面對外界的批評，臺“國防部”仍不斷冒出爭議言論。據“中廣新聞網”報道，“國防部長”馮世寬2日南下慰問遇難者家屬，但在對話過程中脫口說出“所以大家要感謝上帝，我們損失到最小。” 家屬則說：“損失最少就是損失我老公這樣!？”

　　更荒謬的是，臺軍竟然有人趁機宣稱雄風—3導彈的威力。據臺灣親綠的《自由時報》網站3日報道，有臺方海軍官員表示，大家以前談到雄風—3導彈，以為只能鎖定打擊中、大型水面艦，但通過這次事件可以得知，它連小型漁船都可以貫穿，應該會讓解放軍對它的威力感到害怕。

　　臺灣《民報》3日也稱，雖然不幸損失一條人命，但也意外讓這枚號稱“航母殺手”的導彈獲得實戰經驗，驗證其性能十分優異，值得政府以此事為宣傳。其優異的理由如下：第一，操作簡單。在一艘500噸級的巡邏艦上，一名4年資歷的士官，可以在沒有他人幫助之下，于10分鐘內獨立完成發射程序，證實這枚導彈操作簡單，比打游戲還要輕松寫意。第二，精準無比。能在76公里外精準捕捉到小漁船，其誤差范圍幾乎以厘米來計算。

　　對此，臺灣有“立委”批評說，就算海軍官員所言屬實，“但看到這種軍紀，是臺灣人民害怕，解放軍卻可能會因此大笑吧”。該“立委”稱，臺海軍官員的這種說法，只讓人感到海軍官員的無同理心與冷血。

　　臺軍已開始搜尋失蹤的雄風—3導彈。臺灣《聯合晚報》3日報道稱，臺海軍司令部表示，雖然目前已經派出獵雷艦在周邊海域搜尋，但由于實際的落點還要分析，加上海流的影響，彈體恐怕也不完整，目前沒有把握這枚誤射的導彈現在在哪。即使是打撈工作，臺軍也不忘警惕解放軍。有澎湖海軍退役將領表示，依照公告導彈落彈區海深及地形分析，解放軍的潛艇無法進入，應該沒有被解放軍撈走的可能。

　　臺灣輿論普遍擔心“誤擊會導致兩岸發生沖突”，但臺軍挑起的“誤擊”事件卻不少。據臺灣“中華電視公司”報道，國民黨政策會執行長蔡正元3日下午列舉近些年兩岸間的7起誤擊事件，“都是臺灣挑起的”。

　　一名在北京的學者3日告訴《環球時報》記者，臺灣經常指責大陸把導彈對著臺灣島，但在此次事件中，誤射的導彈為什么不是朝著太平洋的方向射，而是朝著廈門方向？臺灣自身一直標榜兩岸和平穩定，說要維持現狀的基礎上推進兩岸和平穩定，還說大陸也要負起責任，從最近這一系列事情看，到底是誰沒有負起責任，到底誰沒有擔起兩岸和平的大任，答案是非常清楚的。【環球時報駐臺北特約記者 蕭師言 環球時報記者 郭媛丹 林鵬飛】