據臺灣媒體報道，二代健保才上路就遇到“陣痛期”，補充保費不斷被質疑，研究生扣繳下限剛上路就修改，民間團體質疑弱勢低收入者繳更多，就連大學也喊繳不出補充保費，軍公教質疑今年入帳的去年度18%被征補充保費，民間團體批評行政成本高、擾民，負責審議健保收支的健保會，委員名單至今也難產。“衛生署”表示，多繳保費“最敏感”，但“大方向沒有錯”，要運作一段時間再做整體性考量。

　　不僅補充保費有爭議，二代健保的藥品給付及支付標準，不再由“健保局”訂定，改由各界推派代表討論訂定。醫藥業界也擔心，會更加拖延藥品上市時間。另外，二代健保視為重大改革的“收支連動”，要結合健保監理會、費用協定委員會兩會合一，但委員名單卻遲遲未產生，更是二代健保的大難關。

　　二代健保補充保費上路半個月狀況連連，日前研究生通過“立委”陳情，要求兼職所得扣繳下限，從5000元（新臺幣，下同）提高到基本工資，社福團體跟大學也相繼反應，要多負擔雇主補充保費。還有退休軍公教通過“立委”表示，去年的優惠存款的18%利息所得，今年入帳也被扣補充保費。

　　民間監督健保聯盟召集人黃淑英表示，企業可以花錢安裝軟件處理補充保費，但經費本來就少的社福團體，成為扣費義務人后，每開出一筆超過5000元的所得，還要“手工”開單、計算雇主要繳多少補充保費，多出不少“無謂的”人事成本。

　　她批評二代健保制造更多的不公平，以致于大家抱怨連連，“衛生署”只好“吵一下就改一下”。

　　對于各界提出的質疑，“衛生署”健保小組副召集人曲同光說，目前的意見焦點集中在補充保費，因為將費基由經常性薪資，擴大到其他所得項目，有些人過去不用繳錢、現在要繳，難免會有反彈。