2006年1月
１月19日，臺“陸委會”宣布，在1月20日至2月13日期間擴大實施金馬“小三通”項目，金馬旅臺鄉親無需以組團方式，即可直接經由“小三通”出入大陸。
1月20日至2月7日，兩岸12家航空公公司承運2006年春節包機，共運營了72個往返航班，運送旅客27276人次。2006年的春節包機比上年增加了廈門航點，而且乘客范圍擴大至其他往返兩岸持合法有效證件的臺灣居民，往返雙程載客。
１月21日，國民黨政策會執行長曾永權、大陸事務部主任張榮恭等人舉辦記者會表示，繼兩岸春節包機后，國民黨將推動“兩岸客貨包機周末化、常態化及開放大陸民眾赴臺觀光事宜”。
2006年2月
2月7日，2006年兩岸春節包機圓滿結束。
2006年3月
3月22日，馬英九訪問美國，在哈佛大學發表演講，提出發展兩岸關系的“五要”主張：要促進兩岸在“九二共識”基礎上盡速恢復平等協商；要促進兩岸終止敵對狀態、達成和平協議；要促進兩岸經濟全面交流，建立兩岸經濟合作機制，實現全面、直接與雙向“三通”，推動建立兩岸共同市場；要發展臺灣國際參與的“暫行架構”；要加強兩岸文化、教育交流。
2006年4月
4月18日，臺“行政院長”蘇貞昌指出，“只要兩岸談好假期包機模式，重要節日就可一體適用，不再每逢重要節日都再談一次，也不會限制大陸觀光客人數。”
2006年6月
6月14日，海峽兩岸航空運輸交流委員會宣布，海峽兩岸航空業民間組織就清明、端午、中秋、春節期間的兩岸客運包機和緊急醫療救援包機、殘疾人包機以及有特殊要求的貨運包機等的技術性、業務性問題達成共識，做出框架性安排，經雙方業務主管部門認可，自即日起實施。
2007年１月
1月1日 中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤在全國政協新年茶話會上指出，在新的一年里，我們要牢牢把握兩岸關系和平發展的主題，擴大兩岸人員往來和經貿文化交流，促進兩岸直接“三通”，認真落實兩岸政黨交流達成的共識和我們主動宣傳的政策措施，盡最大努力為兩岸同胞謀和平、謀發展、謀福祉，使兩岸同胞感情更融洽、合作更深化，促進兩岸關系發展，維護臺海和平穩定。
2007年3月
3月5日 國務院總理溫家寶在十屆全國人大五次會議上作政府工作報告時指出，我們堅持“和平統一、一國兩制”的基本方針，堅持新形勢下發展兩岸關系、推動祖國和平統一進程的各項政策，團結廣大臺灣同胞，堅決反對“臺灣法理獨立”等任何形式的分裂行動；牢牢把握兩岸關系和平發展主題，積極擴大兩岸交流與合作，促進直接“三通”，以最大的誠意、盡最大的努力為兩岸同胞謀和平、謀發展、謀福祉；將繼續在一個中國原則基礎上，加強同主張發展兩岸關系的臺灣各黨派的對話和交流，爭取早日恢復兩岸對話與談判，努力推動兩岸關系朝著和平穩定方向發展。
2007年6月
6月15-22日 兩岸首次端午節包機順利完成，兩岸11家航空公司在北京、上海、廣州、廈門和臺北、高雄6個城市間，共執行21班往返包機，運送旅客6461人。
2007年9月
9月21-30日 兩岸中秋包機實施，兩岸21家航空公司執行48個航班，運送臺灣居民及臺商眷屬等8469人。
2007年11月
11月22日 下午五點整，一架航班號為DER/JD九二三的金鹿航空有限公司的民航飛機從溫州永強機場起飛，載著特殊乘客——患病的臺商汪海涂，直赴臺灣高雄機場，入臺就醫。
11月26日 河北與臺灣第一次直飛緊急醫療救援包機。
2007年12月
12月13日 廈航正式公布了二00八年兩岸春節包機時刻及運價，并于十三日起接受臺胞訂票。據介紹，雖然航油價格上漲，但廈航明年春節包機價格仍與二00七年春節包機一致。
2008年2月
2008年春節，兩岸共有12家航空公司總計安排93個往返航班，航點仍為北京、上海、廣州、廈門和臺北、高雄六城市。考慮到市場的因素，航班安排相對集中在節前2月2至6日（2月7日春節）和節后2月11日至15日。這是自2003年以來第五次實施兩岸春節包機。 據民航總局統計，2008年兩岸春節包機總計執行了94個往返航班，共運送旅客31442人次，運輸行李28893件、452194公斤。
2008年4月2日
2008年兩岸清明包機于4月2日至8日順利實施，兩岸11家航空公司在北京、上海、廣州、廈門和臺北、高雄6座城市間共執飛了21個往返航班，運送臺灣同胞及其眷屬5341人，平均載客率為73%。其中，大陸航空公司運送2228人；臺灣航空公司運送3113人。
2008年6月3日
2008年兩岸端午包機于6月3日首飛，至6月15日已圓滿結束。兩岸共計10家航空公司在北京、上海、廣州、廈門和臺北5城市間共執飛了19個往返班次，運送臺灣同胞及其眷屬6568人，平均載客率為90%。其中，大陸航空公司運送2298人；臺灣航空公司運送4270人。
2008年6月13日
海峽兩岸關系協會會長陳云林與臺灣海峽交流基金會董事長江丙坤在北京簽署了《海峽兩岸包機會談紀要》。
2008年6月16日
根據海峽兩岸關系協會與臺灣海峽交流基金會6月13日在北京簽署的《海峽兩岸包機會談紀要》精神，民航局于6月16日公布大陸航空公司周末包機分配方案。
2008年7月4日
首次兩岸周末包機于7月4日啟動，當天共有18班包機往返兩岸，大陸航空公司分別由北京、上海（浦東）、廣州、廈門和南京5個首批開放航點往返臺北桃園和松山2個機場，臺灣航空公司則分別由臺北、臺中、高雄、花蓮、澎湖飛往北京、上海、廣州、廈門。
兩岸航空公司首月周末包機計劃均已排定，共計144個往返班次。從兩岸機場來看，抵離北京27班、上海70班、廣州31班、廈門12班，新開的南京航點也將有4班；臺北桃園機場56班、臺北松山機場77班，高雄、臺中、澎湖、花蓮機場各有不超過5班的包機抵離。
中共中央臺辦、國務院臺辦主任王毅在 大陸居民赴臺旅游暨兩岸周末包機（北京）啟動儀式上表示，今天是兩岸關系史上一個值得紀念的重要日子。他代表中臺辦、國臺辦表示熱烈祝賀，對所有曾經為兩岸周末包機和大陸居民赴臺旅游付出辛勞、傾注心血的兩岸各界人士表示衷心感謝。
2008年7月27日
在北京國際新聞中心27日舉行的中國水路交通改革發展新聞發布會上，交通運輸部水運司司長宋德星介紹了30年來兩岸海上通航取得的局部進展。他說，目前兩岸海上通航包括三種模式：
一是福州、廈門與高雄港間的“試點直航”集裝箱航線，由兩岸船公司使用自有或經營的方便旗船，運輸兩岸的外貿中轉貨物，貨物不通關不入境，“試點直航”航線共有10家船公司、10艘船舶運營。
二是大陸主要港口與臺灣本島間的兩岸三地集裝箱班輪和不定期散雜貨運輸，運輸兩岸間貿易貨物，也是由兩岸船公司使用自有或經營的方便旗船運營，目前兩岸三地集裝箱航線涉及大陸15個港口和臺灣5個港口。
三是福建沿海與臺灣離島地區的海上直接往來（簡稱“小三通”），由兩岸船公司使用在兩岸登記的船舶，采取航行時掛公司旗，進出對方港口不升掛對方旗的方式運營。
2008年9月3日
由中國通信學會郵政通信委員會與臺灣郵政協會共同主辦的第八屆兩岸郵政發展研討會在北京舉行。
2008年9月7日
今年的中秋節是9月14日，今年兩岸中秋包機航班已正式排定，兩岸將共有8家航空公司共計執飛16個往返航班，航點包括上海、廈門和臺北。 兩岸中秋包機的執飛時間是9月7日至21日。中國民用航空局提供的包機計劃表顯示，參加此次包機的包括大陸的東航、廈航、上航，以及臺灣的華航、長榮、華信、立榮和復興共8家航空公司。大陸兩個航點中，除廈門航點將分別于9月19日與21日各執飛1趟往返航班之外，其他航班全部集中在上海航點。
2008年11月4日
海協會會長陳云林與海基會董事長江丙坤4日下午在臺北簽署了《海峽兩岸空運協議》《海峽兩岸海運協議》《海峽兩岸郵政協議》和《海峽兩岸食品安全協議》四項協議。這宣告兩岸同胞盼望已久的兩岸直接通航、通郵即將變成現實。
2008年12月15日
大陸及臺灣舉行兩岸海運直航、空運直航、直接通郵的啟動儀式，兩岸“三通”基本實現。
