苗栗縣經濟活動以往以農牧業為主，近年來工商業發展迅速，產業結構已有大幅改變。為協助傳統農牧業生產及營運技術升級，在公館鄉設有“行政院農業委員會苗栗區農業改良場”，在竹南鎮設有臺灣動物科技研究所。
苗栗縣的傳統制造業以陶瓷業、手工業為主。其中陶瓷業曾經風光一時，產品銷售到世界各地。近年來產業逐漸外移，已不復往日盛況。臺灣工藝研究所在苗栗市設有“苗栗技術輔導中心”，以輔導相關產業再創新機。
位于苗栗市北郊的“西山工業區”，有長春化工苗栗廠、臺肥苗栗廠等大型石化廠，均得利于鄰近公館鄉生產豐富的天然氣與石油氣。為此，臺灣中油在苗栗市設有“探采研究所”，從事石油及天然氣相關探采研究。
該縣其現有的科技園區及工業區尚有新竹科學工業園區竹南基地、竹南廣源科技園區、銅鑼中興工業區、銅鑼工業區、竹南工業區、頭份工業區等；另有開發中的新竹科學工業園區銅鑼基地，及規劃中的后龍科技園區與銅鑼中平工業區。
位于竹南鎮的衛生研究院，是一所醫療與衛生研究機構，屬于新竹科學園區的一部分。其主要研究對象是醫學、藥物、衛生或其他生命科學領域，以及相關的技術，對于未來苗栗縣建立新興生醫技術相關產業，將大有助益。
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