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鐵路
新竹市在臺灣西部鐵路區位于臺北與臺中、臺南都會區的重要聯絡節點，尤其與桃園、新竹、苗栗生活圈的關系緊密，區間的通勤多仰賴鐵路運輸。
新竹市的鐵路最早可追溯到清末，當時的鐵路由雞籠通車至新竹。日據時期，縱貫鐵路由新竹繼續向南興筑，并自新竹驛開辟支線，西北向新竹機場、東向竹東（后來的內灣線）。在日據時期，新竹車站早已取代北門街成為新竹城市的中心，也是新竹縣市的交通樞紐。
縱貫線鐵路貫穿新竹市，境內設有新竹及香山兩站，其中新竹站各級列車多有停靠，班次密集。
公路
新竹市位居新竹縣的西北角，與相鄰城鎮皆有方便的公路系統連接。中山高速公路和福爾摩沙高速公路在新竹市南側交匯，分別以交流道連接光復路、公道五路、中華路。距臺北市、臺中市車程約一小時。
區域交通方面，省道臺一線為南北向之重要干道，貫穿市中心位置，路線大致與縱貫鐵路平行，往北可達竹北、湖口等鄉鎮，往南可至苗栗縣竹南頭份等地。東西向快速公路南寮竹東線由市區北緣通過，可連結新竹市區到南寮、芎林、竹東等地的交通。
臺灣西部各大城市皆有臺汽客運開往新竹市。新竹客運為境內主要大眾運輸工具，可分為通往市區各地的市公車系統及往竹東、竹北、關西、龍潭、中壢、楊梅等鄰近市鎮的客運系統，前者總站位于民族路上的SOGO百貨旁，后者總站設在火車站右側。
中山高速公路
一、新竹系統交流道下光復路出口，沿光復路往市區方向至中華路二段左轉即可到達。
二、由新竹系統交流道下公道五出口，沿公道五行至忠孝路左轉，再左轉沿光復路往市區方向至中華路二段左轉即可到達。
福爾摩沙高速公路
茄苳交流道下走柴橋路行經明湖路、南大路至西大路口左轉，沿西大路至中華路二段右轉直走即可到達。
搭乘國光客運：在中華路上新竹站下車即可到達。
搭乘新竹客運、三重客運：在中華路二段及中正路口下車即可到達。
搭乘飛狗巴士：在中華路二段上新竹火車站下車即可到達。
搭乘豪泰客運：在中華路上新竹站下車即可到達。
搭乘亞聯客運：在中華路上中華站下車即可到達。
搭乘苗栗客運：在中正路及中華路二段路口新竹站下車即可到達。
搭乘臺灣高鐵：轉乘新竹客運(４號出口右側50公尺)，到達中華路二段、中正路口下車即可到達。
航空
新竹機場開辟于日據時期，為軍用機場。現屬于臺灣空軍新竹基地的一部份。于1998年改為軍民兩用，曾為7家航空業者服務，但該年發生空難，且搭機不便、業者虧損，9月起停止民航。
海運
新竹市現有漁港包括新竹漁港與海山漁港，無工商業貨物運輸，主要功能為近海漁業及觀光游憩。
新竹漁港前身為南寮漁港，1981年動工改建，于1991年完工啟用。可以容納50噸級漁船六百艘，150噸級漁船可以全天候進出漁港，為臺灣西北部地區最優良之避風港。海山漁港位于香山區海山漁村，天然條件稍差。新竹市現有動力船筏133艘，其中動力舢板32艘；二十噸以下漁船48艘；二十至五十噸漁船32艘，五十噸級以上漁船21艘。
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